TÜBA Genç Akademi, 2001 yılında başlatılan TÜBA-Üstün Başarılı Genç Bilim İnsanı Ödül (TÜBA-GEBİP) programından özünü almaktadır. TÜBA-GEBİP programı ödülü sahiplerinin daha kurumsal bir yapıda ve uluslararası temsil niteliğine haiz bir şekilde bilimsel çalışmalarını yürütmek üzere Genç Akademi Topluluğu’nun kurulması için çalışmalara TÜBA Akademi Konseyi'nin 30 Kasım 2019 tarih ve 307 sayılı toplantısında başlanmış ve 15/07/2018 tarihli ve 30479 sayılı 4 Nolu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi'nde 13.11.2021 tarihinde yapılan değişiklik ile Genç Akademi resmen kurulmuştur.
Genç Akademi oluşumunu şekillendiren TÜBA Genç Akademi Esasları, Ekim 2022 Konsey kararı ile kabul edilerek Genç Akademi 2022 yılı GEBİP Yıllık Değerlendirme Toplantısında resmen faaliyetlerine başlamıştır. Türkiye Bilimler Akademisi Genç Akademi Topluluğu’nun 32939 sayılı Yönetmeliği (Resmî Gazete), 27 Haziran 2025 tarihinde yayımlanmıştır.
Avrupa başta olmak üzere dünyanın birçok ülkesinde genç akademiler ulusal bilim akademilerin rehberliğinde akademik ve bilimsel faaliyetlerini yürütmeye başlamıştır. Özellikle Avrupa’da örnekleri bulunan ilk Genç Akademi’ler; Alman Genç Akademi (Die Junge Akademie, kuruluş: 2001), Hollanda Genç Akademi (De Jonge Akademie, kuruluş: 2005) ve Avusturya Genç Akademi (Junge Kurie, kuruluş: 2008) olarak sıralanabilir.
TÜBA Genç Akademi’nin kuruluşu 2001 yılına kadar uzanan ve 2024 yılına kadar 669 genç bilim insanını ödüllendiren TÜBA-GEBİP ödüllerinin kurumsal yapısı ve birikimi üzerine inşa edilmektedir.
TÜBA Genç Akademisinin merkez ofisi, İstanbul Rabi Medrese'de bulunmaktadır. İstanbul'daki Ofis, bilimsel çalışma ve projelere özel destek sağlamanın yanı sıra tüm idari ve organizasyonel faaliyetlerden sorumludur.